房地产开发公司因购房者在履行购房合同时违约而收取的违约金和更名费，实际构成了房屋销售价值，并在房屋转让时取得了收入。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》第五条规定，《暂行条例》第二条所称的收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。 因此，该违约金和更名费应并入其房屋转让收入计征土地增值税。
（注：上述答案仅供参考，具体事宜请向您的主管税务机关咨询）