对向境外支付的服务费重复代扣代缴税款申请退税后的滞纳金问题

问题内容：我公司历史年度就同一笔对外付汇重复申报并扣缴了非居民企业的增值税，即针对同一笔服务费在5月和9月分别进行了两次代扣代缴增值税申报并完税，取得完税凭证上并于当年申报进项抵扣。

为纠正上述重复扣缴增值税相关问题，我公司拟发起退还重复扣缴增值税税款的申请。同时，对上述重复部分已抵扣的增值税做进项转出处理。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》的第三十二条，“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”

我公司为纠正重复缴税行为，拟向税务机关申请退税，并对上述税款做进项转出。税务机关一种意见认为，虽税法无明确规定，考虑到执法风险，上述重复缴纳的增值税需要还原到历史年度（2016年）进项转出并加收滞纳金。我们认为，我公司不存在少缴、未缴税款的情形，因而将纠正重复缴税同时进项转出视为纳税人欠税并征收滞纳金，超出征管法规定。请问这一理解是否正确？

答复机构：陕西省税务局

答复内容：陕西省12366纳税服务中心答复：尊敬的纳税人您好，感谢您的咨询！您的问题我们已通过电话形式与您取得联系，您若对此仍有疑问，您可以拨打12366或者直接联系税务机关咨询