处于不同税率地区的总分机构预缴税款的计算
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号，以下简称28号文）, 适用28号文的总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照28号文第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
例：甲公司是福建省福州市的一个企业，总机构未设立经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的、具有独立生产经营职能部门，其具有主体生产经营职能的二级分支机构A设在福州市、B设在深圳市。2008年第一季度利润额如下：甲公司总部13000万元，A分公司4000万元，B分公司3000万元。2006年各分公司经营收入、职工工资和资产总额指标如附表所示，计算甲公司2008年总机构和各分支机构第一季度预缴所得税额。
甲公司各分公司2006年三项指标明细表
金额单位：万元
| 分公司 | 收入总额 | 工资总额 | 资产总额 | |||
| 金额 | 占各分支机构收入总额比例（%） | 金额 | 占各分支机构工资总额比例（%） | 金额 | 占各分支机构资产总额比例（%） | |
| A | 12000 | 60 | 1000 | 50 | 7000 | 70 |
| B | 8000 | 40 | 10000 | 50 | 3000 | 30 |
| 合计 | 20000 | 100 | 1600 | 100 | 12000 | 100 |
分析：由于甲公司跨省设立了具有主体生产经营职能的二级分支机构B，故适用国税发[2008]28号文。同时，因为甲公司未设立经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的、具有独立生产经营职能部门，所以其总机构应按规定计算预缴企业所得税，其设立的具有主体生产经营职能的二级分支机构A、B应按规定分摊预缴企业所得税。
⒈甲公司2008年第一季度利润总额
甲公司2008年第一季度利润总额＝13000＋4000＋3000＝20000（万元）
⒉各分支机构分摊比例
A分公司分摊比例＝0.35×60%＋0.35×50%＋0.3×70%＝21%＋17.5%＋21%＝59.5%
B分公司分摊比例＝0.35×40%＋0.35×50%＋0.3×30%＝14%＋17.5%＋9%＝40.5%
⒊计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额
由于查帐征收纳税人预缴申报的计税依据为利润总额，所以依照28号文第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，在预缴申报时实际演变为“依照28号文第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的利润总额”。
甲公司总部的“应纳税所得额”＝20000×25%＋20000×25%＝10000（万元）
A分公司的“应纳税所得额”＝20000×50%×59.5%＝5950（万元）
B分公司的“应纳税所得额”＝20000×50%×40.5%＝4050（万元）
⒋计算不同税率地区总分机构应纳所得税额
甲公司总部的应纳所得税额＝10000×25%＝2500（万元）
A分公司的应纳所得税额＝5950×25%＝1487.5（万元）
根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号），自2008年1月1日起，原享受低税率优惠政策的企业，在新税法施行后5年内逐步过渡到法定税率。其中：享受企业所得税15%税率的企业，2008年按18%税率执行。同时，该通知明确：实施过渡优惠政策的项目和范围按《实施企业所得税过渡优惠政策表》执行。从《实施企业所得税过渡优惠政策表》中不难发现，广东省深圳、珠海、汕头经济特区的企业所得税率为15%的政策属于企业所得税过渡优惠政策。因此，B分公司2008年适用18%的税率。
B分公司的应纳所得税额＝4050×18%＝729（万元）
⒌甲公司2008年第一季度应预缴所得税额
甲公司2008年第一季度应预缴所得税额＝2500＋1487.5＋729＝4716.5（万元）
甲公司申报表中的“减免所得税额”＝4050×(25%－18%)＝283.5（万元）
应注意，上述“减免所得税额”并不是由处于低税率地区分支机构的利润总额×（税率－低税率）计算得来的，而是由处于低税率地区分支机构“依照28号文第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分的利润总额”×（税率－适用低税率）。
⒍总机构应分摊的预缴数
甲公司总机构应分摊的预缴数＝4716.5×25%＝1179.125（万元）
⒎总机构缴入中央国库分配税款的预缴数
甲公司总机构缴入中央国库分配税款的预缴数＝4716.5×25%＝1179.125（万元）
⒏各分支机构分配的所得税额
各分支机构预缴所得税总额＝4716.5×50%＝2358.25（万元）
A分公司分配的所得税额＝2358.25×59.5%＝1403.15875（万元）
B分公司分配的所得税额＝2358.25×40.5%＝955.09125（万元）
根据以上计算结果，甲公司及其A、B两个分公司应分别填报《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》(填报口径参见附表)，甲公司还应填报《分配表》，A、B两个分公司还应报送甲公司申报后加盖有主管税务机关受理专用章的《分配表》(复印件)。
中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）
甲公司（表头项目略）
| 行次 | 项目 | 本期金额 | 累计金额 | |
| 1 | 一、据实预缴 | |||
| 2 | 营业收入 | （略） | （略） | |
| 3 | 营业成本 | （略） | （略） | |
| 4 | 利润总额 | 200000000 | 200000000 | |
| 5 | 税率（25%） | |||
| 6 | 应纳所得税额（4行×5行） | 50000000 | 50000000 | |
| 7 | 减免所得税额 | 2835000 | 2835000 | |
| 8 | 实际已缴所得税额 | 0 | ||
| 9 | 应补（退）的所得税额（6行－7行－8行） | 47165000 | ||
| 10 | 二、按照上一纳税年度应纳税所得额的平均额预缴 | |||
| 11 | 上一纳税年度应纳税所得额 | |||
| 12 | 本月（季）应纳税所得额（11行÷12或11行÷4） | |||
| 13 | 税率（25%） | |||
| 14 | 本月（季）应纳所得税额（12行×13行） | |||
| 15 | 三、按照税务机关确定的其他方法预缴 | |||
| 16 | 本月（季）确定预缴的所得税额 | |||
| 17 | 总分机构纳税人 | |||
| 18 | 总 机构 | 总机构应分摊的所得税额（9行或14行或16行×25%） | 11791250 | |
| 19 | 中央财政集中分配的所得税额（9行或14行或16行×25%） | 11791250 | ||
| 20 | 分支机构分摊的所得税额（9行或14行或16行×50%） | 23582500 | ||
| 21 | 分支机构 | 分配比例 | ||
| 22 | 分配的所得税额（20行×21行） | |||
（表尾项目略）
中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）
A分公司（表头项目略）
| 行次 | 项目 | 本期金额 | 累计金额 | |
| 1 | 一、据实预缴 | |||
| 2 | 营业收入 | |||
| 3 | 营业成本 | |||
| 4 | 利润总额 | |||
| 5 | 税率（25%） | |||
| 6 | 应纳所得税额（4行×5行） | |||
| 7 | 减免所得税额 | |||
| 8 | 实际已缴所得税额 | |||
| 9 | 应补（退）的所得税额（6行－7行－8行） | |||
| 10 | 二、按照上一纳税年度应纳税所得额的平均额预缴 | |||
| 11 | 上一纳税年度应纳税所得额 | |||
| 12 | 本月（季）应纳税所得额（11行÷12或11行÷4） | |||
| 13 | 税率（25%） | |||
| 14 | 本月（季）应纳所得税额（12行×13行） | |||
| 15 | 三、按照税务机关确定的其他方法预缴 | |||
| 16 | 本月（季）确定预缴的所得税额 | |||
| 17 | 总分机构纳税人 | |||
| 18 | 总 机构 | 总机构应分摊的所得税额（9行或14行或16行×25%） | ||
| 19 | 中央财政集中分配的所得税额（9行或14行或16行×25%） | |||
| 20 | 分支机构分摊的所得税额（9行或14行或16行×50%） | 23582500 | ||
| 21 | 分支机构 | 分配比例 | 59.5% | |
| 22 | 分配的所得税额（20行×21行） | 14031587.5 | ||
（表尾项目略）
中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）
B分公司（表头项目略）
| 行次 | 项目 | 本期金额 | 累计金额 | |
| 1 | 一、据实预缴 | |||
| 2 | 营业收入 | |||
| 3 | 营业成本 | |||
| 4 | 利润总额 | |||
| 5 | 税率（25%） | |||
| 6 | 应纳所得税额（4行×5行） | |||
| 7 | 减免所得税额 | |||
| 8 | 实际已缴所得税额 | |||
| 9 | 应补（退）的所得税额（6行－7行－8行） | |||
| 10 | 二、按照上一纳税年度应纳税所得额的平均额预缴 | |||
| 11 | 上一纳税年度应纳税所得额 | |||
| 12 | 本月（季）应纳税所得额（11行÷12或11行÷4） | |||
| 13 | 税率（25%） | |||
| 14 | 本月（季）应纳所得税额（12行×13行） | |||
| 15 | 三、按照税务机关确定的其他方法预缴 | |||
| 16 | 本月（季）确定预缴的所得税额 | |||
| 17 | 总分机构纳税人 | |||
| 18 | 总 机构 | 总机构应分摊的所得税额（9行或14行或16行×25%） | ||
| 19 | 中央财政集中分配的所得税额（9行或14行或16行×25%） | |||
| 20 | 分支机构分摊的所得税额（9行或14行或16行×50%） | 23582500 | ||
| 21 | 分支机构 | 分配比例 | 40.5% | |
| 22 | 分配的所得税额（20行×21行） | 9550912.5 | ||
（表尾项目略）