根据《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）第二十条第一款规定，纳税人通过远程办税端选择扣缴义务人并报送专项附加扣除信息的，扣缴义务人根据接收的扣除信息办理扣除。因此，通过自然人税收管理系统手机APP采集专项附加扣除信息并由企业预扣预缴时办理专项附加扣除的，企业无需打印《个人所得税专项附加扣除信息表》留存备查。